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Posts

portfolio

Vaquita eDNA project

2021–presente · Detección de la vaquita marina (Phocoena sinus) mediante ADN ambiental en el Alto Golfo de California.

Pez remo (Regalecus glesne)

2026–presente · Colaboración para el estudio del pez remo (Regalecus glesne), un pez de aguas profundas rara vez observado.

Totoaba

2024–presente · Marcadores específicos de ADN ambiental para la detección de Totoaba macdonaldi.

ADN ambiental y comunidades del Golfo de California

2017–2022 · Metabarcoding de ADN ambiental para monitorear la biodiversidad marina de un hotspot global.

Mamíferos marinos en la Corriente de California

2023–2024 · Proyecto MMARINeDNA: distribución de cetáceos y sus presas a partir de ADN ambiental.

MAR-Gen Caribe

2025–presente · Metabarcoding para la biodiversidad de los arrecifes del Caribe mexicano, con Healthy Reefs for Healthy People.

Sargassum

2025–presente · ADN ambiental y metabarcoding para entender la biología del sargazo en el Caribe mexicano.

Genómica poblacional y del paisaje

2009–2022 · Conectividad y adaptación local: cabrilla sardinera, iguana del desierto y pastos marinos.

Del genoma al ensamblaje de especies

2026–2028 · Procesos ecológicos y evolutivos que estructuran la biodiversidad de peces criptobentónicos en el Golfo de California.

Symbiodiniaceae y resiliencia coralina

2026–2028 · Diversidad genética y funcional de los simbiontes de corales en el Pacífico mexicano y el Golfo de California.

Vaquita eDNA project

2021–present · Detecting the vaquita (Phocoena sinus) with environmental DNA in the Upper Gulf of California.

Oarfish (Regalecus glesne)

2026–present · Collaboration to study the oarfish (Regalecus glesne), a rarely observed deep-water fish.

Totoaba

2024–present · Species-specific environmental DNA markers to detect Totoaba macdonaldi.

Environmental DNA and communities of the Gulf of California

2017–2022 · eDNA metabarcoding to monitor marine biodiversity in a global hotspot.

Marine mammals in the California Current

2023–2024 · MMARINeDNA project: distribution of cetaceans and their prey from environmental DNA.

MAR-Gen Caribe

2025–present · Metabarcoding for the biodiversity of Mexican Caribbean reefs, with Healthy Reefs for Healthy People.

Sargassum

2025–present · Environmental DNA and metabarcoding to understand sargassum biology in the Mexican Caribbean.

Population and landscape genomics

2009–2022 · Connectivity and local adaptation: leopard grouper, desert iguana and seagrasses.

From genome to species assemblage

2026–2028 · Ecological and evolutionary processes structuring the biodiversity of cryptobenthic fishes in the Gulf of California.

Symbiodiniaceae and coral resilience

2026–2028 · Genetic and functional diversity of coral symbionts in the Mexican Pacific and the Gulf of California.

publications

Fine-scale population genetics on the seagrass Thalassia testudinum in the reef lagoon of Puerto Morelos, Quintana Roo

Licenciatura en Biología, Facultad de Ciencias, UNAM, 2011

Cita: Valdivia-Carrillo T (2011). Tesis de licenciatura, UNAM, México.
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Isolation and characterization of 15 tetranucleotide microsatellite loci in the desert iguana (Dipsosaurus dorsalis, Baird and Girard) by 454 pyrosequencing

Conservation Genetics Resources, 2013

Cita: Valdivia-Carrillo T, Lozano-Garza A, García de León FJ, Blázquez MC (2013). Conservation Genetics Resources 5:719–721.
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Phylogeography and Ecological Niche Modelling in the Desert iguana Dipsosaurus dorsalis (Baird y Girard, 1859) on the Peninsula of Baja California

Maestría en Uso, Manejo y Preservación de los Recursos Naturales, CIBNOR, 2014

Cita: Valdivia-Carrillo T (2014). Tesis de maestría, CIBNOR, México.
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Coping with potential bi-parental inbreeding: Limited pollen and seed dispersal and large genets in the dioecious marine angiosperm Thalassia testudinum

Ecology and Evolution, 2016

Cita: van Tussenbroek BI, Valdivia-Carrillo T, Rodríguez-Virgen IT, Sanabria-Alcaraz SNM, Jiménez-Durán K, van Dijk JK, Marquez-Guzmán GJ (2016). Ecology and Evolution 6(15):5542–5556.
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Isolation and characterization of 14 tetranucleotide microsatellite loci in the cannonball jellyfish (Stomolophus meleagris, Agassiz, 1862) by Next Generation Sequencing

Molecular Biology Reports, 2017

Cita: Getino-Mamet L, Valdivia-Carrillo T, Dawson M, Gómez Daglio L, García de León FJ (2017). Molecular Biology Reports 44(2):257–260.
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Phylogeography and Ecological Niche Modelling in the desert iguana (Dipsosaurus dorsalis, Baird and Girard 1859) on the Peninsula of Baja California

Journal of Heredity, 2017

Cita: Valdivia-Carrillo T, García De-León FJ, Blázquez MC, González-Zamorano P, Gutierrez-Flores C (2017). Journal of Heredity 108(6):640–649.
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Beyond traditional biodiversity fish monitoring: environmental DNA metabarcoding and simultaneous underwater visual census detect different sets of a complex fish community at a marine biodiversity hotspot

bioRxiv (preprint), 2019

Cita: Valdivia-Carrillo T, Rocha-Olivares A, Reyes-Bonilla H, Domínguez-Contreras JF, Munguia-Vega A (2019). bioRxiv.
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Integrating eDNA metabarcoding and simultaneous underwater visual surveys to describe complex fish communities in a marine biodiversity hotspot

Molecular Ecology Resources, 2021

Cita: Valdivia-Carrillo T, Rocha-Olivares A, Reyes-Bonilla H, Domínguez-Contreras JF, Munguia-Vega A (2021). Molecular Ecology Resources 21(5):1558–1574.
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Integrative study of connectivity in the Gulf of California seascape

Doctorado en Ecología Marina, CICESE, 2022

Cita: Valdivia-Carrillo T (2022). Tesis de doctorado, CICESE, México.
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Pilot project to test viability of detecting vaquita porpoise presence through environmental DNA (eDNA)

Reporte final, Cetacean Action Treasury, 2023

Cita: Towns V, Valdivia-Carrillo T (2023). Reporte final del proyecto piloto.
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eDNA metabarcoding warms up a hotspot of marine biodiversity: Revealing underrepresented taxa in visual surveys and historical records from the Gulf of California

Marine Biodiversity, 2024

Cita: Mac Loughlin C, Valdivia-Carrillo T, Valenzuela-Quiñonez F, Reyes-Bonilla H, Brusca RC, Munguia-Vega A (2024). Marine Biodiversity 54:22.
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Estudios filogeográficos: enseñanzas para el manejo y conservación de la biodiversidad

La biodiversidad en Baja California Sur. Estudio de Estado, Vol. III. CONABIO, 2025

Cita: García-De León FJ, Mendoza-Portillo V, García-López KB, Orozco-Ruiz AM, Morales-Flores G, Olivas-Hernández JL, Martínez-Noguez JJ, Gutiérrez-Flores C, Valdivia-Carrillo T (2025). Estudios filogeográficos: enseñanzas para el manejo y conservación de la biodiversidad. En: La biodiversidad en Baja California Sur. Estudio de Estado. Vol. III. CONABIO/FFB, México, pp. 43–56.
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Contrasting the contributions of 12S eDNA metabarcoding, visual surveys and anaesthetic collections to the historical regional diversity of cryptobenthic and conspicuous fish

Journal of Fish Biology, 2025

Cita: Mac Loughlin C, Valdivia-Carrillo T, El Khattabi S, Valenzuela-Quiñonez F, Reyes-Bonilla H, Munguia-Vega A (2025). Journal of Fish Biology. doi:10.1111/jfb.70054
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