Del genoma al ensamblaje de especies
Proyecto Ciencia Básica y de Frontera CBF-2026-4124 (SECIHTI, 2026–2028), coordinado por el Dr. Fausto Valenzuela Quiñonez (CIBNOR), con investigadores del CIBNOR, el CICESE y la UABCS.
“Del genoma al ensamblaje de especies: evaluación de los procesos evolutivos neutrales, selectivos y funcionales que estructuran la biodiversidad en ambientes marinos”
La ecología de comunidades y la biología evolutiva buscan explicar los mismos patrones de diversidad, pero casi siempre por separado. Este proyecto pone a prueba cómo se relacionan ambos niveles usando como modelo a los peces criptobentónicos del Golfo de California: especies pequeñas, muy ligadas a su microhábitat y con baja dispersión, poco detectadas en censos visuales.
El proyecto combina:
- diversidad alfa y beta del ensamblaje de peces a partir de capturas y ADN ambiental;
- una base de datos de referencia de mitogenomas de al menos cinco de las familias más representativas del ensamblaje (Apogonidae, Blenniidae, Chaenopsidae, Gobiidae, Labrisomidae, Tripterygiidae, entre otras), obtenidos por secuenciación de baja cobertura (genome skimming), para mejorar la asignación taxonómica del ADN ambiental;
- genómica poblacional de múltiples especies co-distribuidas (ddRAD);
- genomas completos de especies seleccionadas y transcriptómica, para identificar loci adaptativos y su función.
Participo como investigadora posdoctoral en el componente de ADN ambiental, mitogenomas de referencia y genómica.