Metabarcoding de comunidades de eucariontes
Día 1 — Introducción teórica y fundamentos
- Bienvenida y presentación del curso
- Conexión a Zoom
- Pruebas de conexión al servidor
- Teoría
Día 2 — Entorno bioinformático y control de calidad
- Introducción a Linux y R
- Introducción al pipeline DADA2
- Nuestros datos
- Clonación de repositorio
- Preparación del entorno
- Archivos fastq: estructura y organización
- Control de calidad y recorte de primers
Día 3 — Pipeline DADA2
- Filtrado inicial
- Aprendizaje del modelo de error
- Unión de lecturas paired-end
- Remoción de quimeras
- Asignación taxonómica
Día 4 — Análisis ecológico de comunidades
- De los resultados de DADA2 al análisis ecológico de comunidades
- OTUs: agrupamiento por similitud con VSEARCH
Día 5 — Temas avanzados
- Bases de datos de referencia personalizadas
- Detección y remoción de contaminantes con decontam
- Temas auxiliares y dudas del curso