Clonación de repositorio Github

1. Clona el repositorio del curso

git clone https://github.com/taniavaldiviac/metabarcoding-code.git
cd ~/metabarcoding-code

2. Copia los archivos FASTQ

Los archivos de secuenciación están en el directorio del instructor:

cp /home/tvaldivia/metabarcoding-code-cibnor/raw_fastqs/* ~/metabarcoding-code/raw_fastqs/

3. Verifica los paquetes de R

Los paquetes necesarios ya están instalados en el servidor. Tu cuenta está configurada para encontrarlos automáticamente. Verifica abriendo R:

R

Dentro de R:

library(dada2)
library(phyloseq)
library(tidyverse)
q()

Si no hay errores, está todo listo.

4. Ambiente conda para herramientas de línea de comandos

Para los pasos de control de calidad y remoción de adaptadores, activa el ambiente metabarcoding:

conda activate metabarcoding

Este ambiente contiene:

Herramienta Uso
cutadapt Remoción de adaptadores y primers
fastqc Control de calidad de lecturas
multiqc Reporte agregado de calidad

Para desactivarlo cuando termines:

conda deactivate
NotaRecuerda
  • Usa siempre ~/metabarcoding-code como tu directorio de proyecto.
  • Los paquetes de R están disponibles automáticamente — no necesitas instalar nada.
  • Activa conda activate metabarcoding solo para los pasos de QC y Cutadapt.