Metabarcoding de comunidades de eucariontes
  • Sesiones
  • Lecturas recomendadas
  1. Día 1
  2. Conexión a Zoom
  • Día 1
    • Conexión a Zoom
    • Conexión al servidor
  • Día 2
    • Introducción a Linux y R
    • Introducción al pipeline DADA2
    • Nuestros datos: eDNA de peces del Golfo de California
    • Clonación de repositorio Github
    • Preparación del entorno
  • Día 3
    • Archivos FASTQ: estructura y organización
    • Control de calidad y recorte de primers con Cutadapt
    • DADA2 — Filtrado inicial
  • Día 4
    • Dada2 - Dereplicación e Inferencia de Errores
    • Dada2 - Unión de lecturas paired-end
    • Dada2 - Remoción de quimeras y seguimiento de lecturas
    • Dada2 - Asignación taxonómica y guardado de resultados
  • Día 5
    • Análisis ecológico de comunidades de peces
    • OTUs: agrupamiento por similitud con VSEARCH
    • Detección y remoción de contaminantes con decontam
    • Bases de datos de referencia personalizadas
  • Lecturas recomendadas
    • Referencias
  1. Día 1
  2. Conexión a Zoom

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