Metabarcoding de comunidades de eucariontes
Introducción
Las técnicas de metabarcoding son un conjunto de herramientas genéticas para evaluar la biodiversidad presente en las comunidades, desde un punto de vista cualitativo y/o cuantitativo. Sus aplicaciones potenciales incluyen análisis de manera general la evaluación de la biodiversidad en diferentes ecosistemas acuáticos y terrestres, análisis tróficos o de contenidos digestivos, evaluación de recursos pesqueros, diagnóstico del estado de salud de instalaciones de acuicultura, detección temprana de la presencia de especies no autóctonas, estudios de patrones ecológicos globales, evaluación de impactos antropogénicos (biomonitoreo genético) o reconstrucción de comunidades paleoecológicas con el fin de estudiar cambios ecológicos ocurridos en el pasado.
Descripción del curso
El curso “Metabarcoding de comunidades de eucariontes” está diseñado para introducir a estudiantes de posgrado, investigadores y técnicos en el uso de herramientas moleculares y bioinformáticas para el estudio y monitoreo de la biodiversidad mediante técnicas basadas en ADN ambiental (eDNA). A lo largo de cinco días intensivos, los participantes adquirirán conocimientos teóricos y habilidades prácticas para implementar proyectos de metabarcoding, desde el diseño experimental y la recolección de muestras, hasta el procesamiento bioinformático y el análisis ecológico de datos. El curso se centrará en el uso de la herramienta DADA2 para la inferencia de variantes de secuencia (ASVs), control de calidad, remoción de errores y asignación taxonómica. También se incluirán sesiones breves sobre detección de especies específicas mediante qPCR y ddPCR, análisis de diversidad con R (usando paquetes como phyloseq, vegan y ggplot2), así como buenas prácticas de laboratorio y control de contaminación. Se fomentará un ambiente colaborativo y participativo, con sesiones prácticas guiadas que permitirán a los asistentes aplicar lo aprendido a proyectos reales.
A quién va dirigido
Este taller está dirigido principalmente a estudiantes de posgrado, investigadores y técnicos con conocimientos previos en ecología, biodiversidad o biología de comunidades que quieran aprender nuevas herramientas moleculares y bioinformáticas para estudiar la biodiversidad y a los investigadores en otras áreas de la bioinformática que quieran aprender métodos genéticos para la evaluación de la biodiversidad y otras aplicaciones ecológicas. En general, es adecuado para todo investigador que quiera unirse a la creciente comunidad internacional de usuarios del metabarcoding.
Visión
Contribuir a la formación continua e interdisciplinaria, capaz de aplicar de manera crítica y efectiva herramientas moleculares y bioinformáticas para el estudio y monitoreo de la biodiversidad en ecosistemas marinos con la técnica de metabarcoding. Buscamos empoderar a investigadores, estudiantes y técnicos con los conocimientos y habilidades necesarias para incorporar el ADN ambiental y el metabarcoding en sus proyectos de investigación, evaluación ambiental y conservación biológica. Aspiramos a que los participantes no solo dominen los aspectos técnicos del procesamiento y análisis de datos de eDNA, sino que también comprendan el potencial transformador de estas metodologías para generar conocimiento útil, reproducible y de alto impacto en la gestión de la biodiversidad. Promovemos una visión integradora, donde la ciencia molecular se pone al servicio de la ecología, la conservación y la toma de decisiones basada en evidencia.
Misión
El curso tiene como misión capacitar a investigadores, estudiantes y técnicos en el uso de herramientas moleculares y bioinformáticas para el estudio de la biodiversidad. A través de una combinación de teoría y práctica, buscamos proporcionar conocimientos sólidos sobre el metabarcoding, desde la recolección y procesamiento de muestras hasta el análisis e interpretación de datos con enfoques bioinformáticos. Nuestro objetivo es empoderar a los participantes con habilidades técnicas y analíticas que les permitan diseñar e implementar estudios basados en ADN ambiental, optimizando la detección de especies y la evaluación de comunidades biológicas. Fomentamos la adopción de metodologías estandarizadas y reproducibles que faciliten la generación de datos confiables y comparables a nivel global. A través de este curso, promovemos la formación de una comunidad interdisciplinaria comprometida con la aplicación de la genética y la bioinformática en la conservación y monitoreo de la biodiversidad marina, impulsando el uso de tecnologías innovadoras para la toma de decisiones informadas en investigación y gestión ambiental.
Objetivo
El objetivo de este curso es capacitar a los participantes en el uso de técnicas de metabarcoding para el análisis de ADN ambiental y de comunidades, para la detección y monitoreo de especies y comunidades en ecosistemas marinos. A través de un enfoque teórico-práctico, los asistentes aprenderán a diseñar y ejecutar estudios de metabarcoding, desde la recolección de muestras y procesamiento en laboratorio, hasta el análisis bioinformático e interpretación de datos utilizando DADA2. Este curso busca proporcionar las habilidades necesarias para:
Comprender los fundamentos teóricos del metabarcoding aplicado a muestras ambientales en estudios ecológicos.
Aplicar buenas prácticas en la toma de muestras y manejo de ADN en laboratorio, minimizando riesgos de contaminación.
Implementar pipelines bioinformáticos para el procesamiento y análisis de secuencias, con énfasis en control de calidad, asignación taxonómica y análisis de diversidad.
Interpretar resultados ecológicos y generar visualizaciones efectivas para estudios de biodiversidad.
Diseñar estudios de metabarcoding adaptados a distintas preguntas ecológicas y de conservación.
Al finalizar el curso, los participantes estarán preparados para integrar el metabarcoding en sus proyectos de investigación y contribuir al desarrollo de estrategias de monitoreo de biodiversidad en ecosistemas marinos.
Instructores participantes/Institución
Dra. Tania Valdivia Carrillo, Investigadora postdoctoral CIBNOR SECIHTI
Dr. Miguel A. Martínez Mercado, Investigador postdoctoral CIBNOR SECIHTI
Dr. Fausto Valenzuela Quiñonez, Investigador Titular CIBNOR