Metabarcoding de comunidades de eucariontes
  • Sesiones
  • Lecturas recomendadas
  1. Día 1
  2. Conexión al servidor
  • Día 1
    • Conexión a Zoom
    • Conexión al servidor
  • Día 2
    • Introducción a Linux y R
    • Introducción al pipeline DADA2
    • Nuestros datos: eDNA de peces del Golfo de California
    • Clonación de repositorio Github
    • Preparación del entorno
  • Día 3
    • Archivos FASTQ: estructura y organización
    • Control de calidad y recorte de primers con Cutadapt
    • DADA2 — Filtrado inicial
  • Día 4
    • Dada2 - Dereplicación e Inferencia de Errores
    • Dada2 - Unión de lecturas paired-end
    • Dada2 - Remoción de quimeras y seguimiento de lecturas
    • Dada2 - Asignación taxonómica y guardado de resultados
  • Día 5
    • Análisis ecológico de comunidades de peces
    • OTUs: agrupamiento por similitud con VSEARCH
    • Detección y remoción de contaminantes con decontam
    • Bases de datos de referencia personalizadas
  • Lecturas recomendadas
    • Referencias
  1. Día 1
  2. Conexión al servidor

Conexión al servidor

Consulta tus credenciales de acceso en la hoja de participantes.

1. Conéctate a la VPN

Antes de conectarte al servidor necesitas activar la VPN con el cliente Hillstone Secure Connect:

  • Servidor VPN: 200.23.161.197
  • Puerto: 4666
  • Usuario: BIO\tu_usuario (por ejemplo, BIO\usr01)
  • Contraseña: la que te proporcionó el instructor

2. Conéctate al servidor por SSH

Abre la terminal en tu computadora y escribe:

ssh usrXX@200.23.162.240

Reemplaza usrXX por tu usuario (por ejemplo, usr01). Escribe tu contraseña cuando se te pida.

  • Si es la primera vez que te conectas, puede que te pregunte si confías en el servidor. Escribe yes y presiona Enter.

Mantener la conexión activa

Las conexiones SSH pueden cerrarse automáticamente después de un periodo de inactividad (por ejemplo, mientras lees documentación o esperas que un análisis termine). Para evitarlo, agrega la opción -o ServerAliveInterval=60 al conectarte:

ssh -o ServerAliveInterval=60 usrXX@200.23.162.240

Esto le indica a tu computadora que envíe una señal al servidor cada 60 segundos para mantener la conexión abierta. Es especialmente útil cuando corres análisis largos como el pipeline de DADA2.

Tip

Recomendación: usa siempre esta opción durante el curso para evitar desconexiones inesperadas.

Conexión a Zoom
Introducción a Linux y R

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